Die freie Java-Bibliothek wurde 2004 entwickelt, um zunächst regionalen Forstregierungsämtern ein Tool zur GIS-Analyse an die Hand zu geben. Schnell wurde klar, dass Sextante („Sistema Extremeño de Análisis Territorial“) nicht nur im forstlichen Bereich, sondern auch in weiteren Einrichtungen als professionelles Werkzeug zum Einsatz kommen könnte. Zur selben Zeit entwickelte sich die freie Software gvSIG zu einem vollständigen GIS, und es wurde entschieden, Sextante (mit nunmehr rund 200 Algorithmen) zur Verwendung unter gvSIG anzupassen, um damit bestehende Analysemöglichkeiten zu verbessern. Sextante ist heute eine freie Bibliothek, die neben gvSIG auch unter jedem anderen Java-basierten GIS-System (uDig, OpenJump) in verschiedenen Bereichen wie Ökologie und Archäologie verwendet werden kann.

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Im Jahr 2008 wurde die Ausführung von Geoprozessen durch die Integration eines Modellers sowie der batch-Processing- Methode vereinfacht. In Kombination mit der 2010 entwickelten Schnittstelle zu GrassGIS sind derzeit mehr als 500 Algorithmen zur Raster- und Vektordatenanalyse in Sextante verfügbar (http://Grass.osgeo.org/ wiki/Grass_and_Sextante). Die aktuellste Neuerung in Sextante ist eine Schnittstelle zu Saga-GIS, durch die sich die Gesamtzahl an Algorithmen auf über 800 erhöht (http:// Sextantegis.blogspot.com/2011/04/bigchanges- in-Sextante.html). 

Sextante ist ein Open-Source-Projekt, in dem ein starker Austausch zwischen Programmierern stattfindet.