Eine der Herausforderungen der Bayerischen Kompensationsverordnung liegt in der zeitaufwendigen Berechnungsmethodik für die Ermittlung des Kompensationsbedarfs. Unter dem Begriff Kompensationsbedarf versteht man den „Bedarf an Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen“ (§ 7 Abs. 1 BayKompV). Der erhöhte Aufwand für den jeweiligen Planer besteht darin, dass diese Berechnung für jede einzelne Fläche erforderlich ist, was bei einem großen Vorhaben einen nicht zu unterschätzenden Zeitaufwand darstellt. Ebenso muss bei einer Veränderung der Ausgangssituation (z. B. Änderung des Bearbeitungsgebiets, neue Trassenführung) die zeitaufwendige Berechnung von vorn begonnen werden. Ein schneller Vergleich des Kompensationsbedarfs von zum Beispiel verschiedenen Trassenvarianten ist nur mit hohem Zeitaufwand möglich. Schlussendlich besteht natürlich auch die Gefahr von Rechenfehlern bei einer Kalkulation von Hand. Im Rahmen einer Bachelorarbeit wurde deshalb ein Verfahren herausgearbeitet, das die automatisierte Berechnung des Kompensationsbedarfs der flächigen Aspekte des Schutzguts Arten und Lebensräume nach der Bayerischen Kompensationsverordnung mithilfe eines neu erstellten GIS-Tools ermöglicht.